La Olimpiada se estructura en varias fases:
- Fase Local: suele convocarse en enero y se celebra en cada Distrito Universitario durante febrero-marzo.
- Fase Nacional: tiene lugar hacia finales de abril y a ella concurren los seleccionados en cada fase local. El Ministerio de Educación premia a los primeros clasificados y de ellos salen los representantes de España en la Fases Internacional e Iberoamericana.
- Fase Internacional: suele celebrarse en julio.
- Fase Iberoamericana: tiene lugar en el tercer trimestre de cada año.