Los orígenes de la Asociación de Químicos de Andalucía se remontan a 1946, año en que la Asociación Nacional de Químicos de España (ANQUE) crea las delegaciones de Granada (Almería, Granada y Jaén), Málaga (Málaga, Marruecos, zona de Melilla) y Sevilla (Badajoz, Cádiz, Córdoba, Huelva, Sevilla y Marruecos, zona de Tetuán). Estas tres delegaciones se fusionaron dos años después en la delegación ‘de Andalucía y Badajoz’, que hasta principios de los años 80 del siglo XX integraba siete provincias andaluzas (todas salvo Almería) y Badajoz.Estatutos AQA
El desarrollo del proceso autonómico llevó a transformar las delegaciones de ANQUE en Agrupaciones Territoriales, con ámbitos de actuación coincidentes con al menos el territorio íntegro de una Comunidad Autónoma. A la Delegación de Andalucía y Badajoz se unieron las provincias de Almería y Cáceres para configurar en una primera instancia la Agrupación Territorial de Andalucía y Extremadura, que luego se dividiría en dos: una de Andalucía y otra de Extremadura.
En los Estatutos aprobados por ANQUE en 1989, se abrió la posibilidad de asociación a personas jurídicas. Entre ellas estarían las ‘Asociaciones de Químicos de ámbito y competencias autonómicos’ que pudieran surgir de las Agrupaciones Territoriales, y que representarían a ANQUE en sus territorios respectivos. Así se creó en 1995 la Asociación de Químicos de Andalucía (AQA), integrada en ANQUE, que quedó inscrita en el Registro de Asociaciones de Sevilla el 8 de febrero con el número 41-1-5106. El 14 de diciembre de 2012 se actualizaron los Estatutos inscribiéndose en el Registro el 19 de febrero de 2013.