La bioluminiscencia es uno de los fenómenos más particulares y menos estudiados en la región. Se trata de la producción de luz de ciertos organismos mediante una transformación de energía química a luminosa y es observado en insectos y hongos, pero también en cuerpos de agua, generalmente en ecosistemas marinos.

Este acontecimiento puede ser observado más fácilmente de noche y se da en tonalidades azules y verdosas. En Costa Rica se han reportado eventos de bioluminiscencia tanto en el Océano Pacífico como en el Caribe.

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